La Constitución de Cádiz, en su artículo 222, estableció siete Secretarías del Despacho, entre las que figuraba la Secretaría de la Gobernación de Ultramar. Fue extinguida por R.D. de 28 de junio de 1814, restableciéndose "el Ministerio Universal de Indias en la forma que estuvo en el año 1787". Sus competencias fueron fijadas en el decreto CXLV de las Cortes, de 6 de abril de 1812: "tendrá a su cargo, por lo que toca a las provincias de América y Asia, todos los negocios correspondientes a los diversos ramos que se asignan al Ministerio de la Gobernación para la Península, excepto lo relativo a correo y postas; y tendrá, además, lo respectivo a la economía, orden y progresos de las misiones para la conversión de los indias infieles, e igualmente, establecer y fomentar por todos los medios posibles el comercio con los mismos indios". Las relaciones de las Secretarías del despacho con la Regencia, quedan fijadas en los sucesivos reglamentos de esta última, estableciéndose en concreto, que cada Secretario del Despacho tuviera un libro donde constase lo que se despachase, haciéndose constar el dictamen de la Secretaría, y la resolución de la Regencia, rubricada por los regentes. Estos libros, donde se resume la actuación de la Secretaría del despacho, y que hoy constituyen una serie fundamental, los debía presentar el Secretario del despacho en las Cortes, junto con una exposición de lo concerniente a la Secretaría Estuvieron al frente de esta Secretaría del Despacho: Tomás González Calderón, Manuel de la Bodega Mollinedo y Miguel Lardizábal Uribe.