El 15 de mayo de 1861 se crea el Archivo Nacional, hoy llamado Archivo General de la Nación (AGN), durante el segundo gobierno del mariscal Ramón Castilla, con la finalidad de custodiar los documentos históricos pertenecientes a las antiguas instituciones gubernamentales de la época colonial, que se conservaban en el convento de San Agustín. El primer director del Archivo Nacional fue Santiago Távara.
El AGN funcionó en las instalaciones de la antigua Biblioteca Nacional, que después de la Guerra del Pacífico estuvo dirigida por Ricardo Palma, quien consultó sus valiosos manuscritos para su investigación sobre las tradiciones peruanas.
En la década de 1940, el AGN se trasladó al sótano del edificio del Palacio de Justicia, donde se conservaron cerca de 28 mil metros lineales de documentos no sólo de la Colonia sino también de la República. Entre los documentos custodiados resaltan el “Protocolo Ambulante de los Conquistadores”, los expedientes de la Real Audiencia de Lima, los archivos del ex Ministerio de Hacienda y Comercio, las escrituras públicas, partidas de registro de nacimiento, matrimonio y defunción, los registros de inmigrantes, los archivos de las ex haciendas expropiadas por la Reforma Agraria, documentos de la Santa Inquisición, entre otros fondos documentales de las instituciones públicas que son únicos e irremplazables.
Mediante el Decreto Ley N° 19268 del año 1972, el Archivo Nacional cambió de denominación por Archivo General de la Nación.
Guillermo Durand Flórez, reconocido como el “Padre de la archivística peruana”, logró en 1981 que el AGN se convirtiese en Organismo Público Descentralizado, sustentado con el Decreto Legislativo Nº 120: Ley Orgánica del Archivo General de la Nación, conforme al Artículo 188 de la Ley 23230 promulgada el 15 de diciembre de 1980. Además, estableció las bases del Sistema Nacional de Archivos y creó el Centro de Capacitación para archiveros, llamado hoy la Escuela Nacional de Archivística.
El 04 de junio de 1991 mediante Ley N° 25323, el Archivo General de la Nación es instituido como ente rector del Sistema Nacional de Archivos, siendo su reglamentación el 26 de junio 1992.
El Archivo General de la Nación inicia sus competencias relacionadas al sector Cultura a partir del 15 de julio del 2010 a través de la Ley N° 29565, Ley de Creación del Ministerio de Cultura (Según el art. 11°, el AGN se considera como organismo adscrito al Ministerio de Cultura, anteriormente pertenecía al Ministerio de Justicia).