En 1760 se crea en la Metrópoli La Inspección General de los Reales Ejércitos y en 1770 el mariscal de campo Alejandro O’Reilly es nombrado inspector general del ejército en América. Entre 1745-1761, el virrey José Antonio Manso de Velasco, Conde de Superunda expidió un nuevo reglamento orgánico para la plaza militar del Callao estableciendo en el Perú la Comisaría de Guerra y Marina, que se encargaría de supervisar a las tropas del Real Presidio y Fortaleza del Callao y tripulación de los navíos, con facultad de formarles
cargo por el manejo de los pertrechos de guerra. Para ello suprimió los cargos de veedor, pagador general, proveedor de la armada y teniente general de artillería. Reglamento que funcionó también para las fortalezas de Chile, Capitanía General que dependió del Perú en lo militar.
En 1769 Carlos III, manda aplicar en América las famosas Ordenanzas Militares promulgadas para España. En ella se incrementan los privilegios del fuero militar para todos los militares que servían en sus tropas y gozaban de sueldo abonado por las tesorerías del Ejército; además de establecerse dos clases de Consejos de Guerra: En función de la clase de personas sometidas al tribunal existía el consejo de guerra ordinario y el de oficiales generales y en razón a las faltas y delitos existía el consejo de guerra de cuerpo o consejo de
guerra de plaza. Estas diferentes clases de tribunales continuaron hasta que en 1875 se dispuso que los concejos de guerra ordinaria, extraordinaria y de oficiales generales quedasen refundidos en un único tribunal militar de primera instancia, denominado Consejo de Guerra.
El 26 de Agosto de 1776 el virrey Manuel de Guirior expidió un decreto, creando la Comandancia General y Subinspección de Artillería. Se otorgó a este cuerpo fuero especial independiente y juzgado privativo, lo cual mereció la aprobación real del 8 de Mayo de 1777.