El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de Lima fue creado por el Rey Felipe II en 1569 como una filial provincial del Consejo de la Suprema y General Inquisición Española. Sus miembros lo constituían dos o tres jueces inquisidores, encargados de interrogar y determinar las causas del juzgamiento; el promotor fiscal que indagaba, definía las acusaciones y supervisaba las informaciones sobre limpieza de sangre; el secretario o notario del secreto, encargado de la redacción, tramitación y conservación de los documentos procesales; el notario de secuestros encargado de realizar inventario de los bienes confiscados a los reos; el receptor encargado de la cobranza y administración de los bienes del Tribunal y los funcionarios subalternos como el comisario, contador, alguacil mayor, abogado, alcaide, despensero, nuncio, portero, barbero, médico, boticario y capellán.
Asimismo los familiares se encargaban del seguimiento de la conducta de algún sospechoso y los comisarios se constituyen en voceros oficiales del tribunal en los distritos de Panamá, Santa Marta, Cartagena (hasta la creación de su tribunal), Popayán, Quito, Bogotá, Trujillo, Lima, Cusco, Asunción, La Plata, Santiago de Chile, Concepción y Tucumán. Además se dispuso la presencia de un comisario en cada puerto marítimo para el control de infiltrados extranjeros (judíos, moriscos y protestantes) con ideologías adversas a la propagación y defensa de la fe.
El Tribunal del Santo Oficio era un tribunal especial autónomo que tenía una doble función: judicial y policial. Su misión era la defensa de la fe católica y la persecución de la herejía; juzgaba delitos contra la fe como el alumbradismo (personas que decían sentirse guiados por el espíritu santo), proposiciones (personas que vertían opiniones contrarias al dogma de la iglesia y la moral) y las herejías de los judaizantes, (la mayoría prósperos comerciantes), luteranos y moriscos. Asimismo el tribunal también sentenciaba delitos contra la moral como la blasfemia, adulterio, bigamia, las supersticiones (adivinación, astrología, magia, brujería, idolatría, etc.) y los delitos del clero contrarios al voto de castidad.
Todos estos delitos se entendían en el aspecto contencioso. Las apelaciones solo podían ser giradas al Consejo de la Suprema y General Inquisición con sede en España. Las causas se iniciaban de oficio, a iniciativa del propio inquisidor, o de resultas de una acusación. Las penas más graves a que era condenado un hereje consistían en la confiscación de la totalidad de sus bienes para la Cámara del fisco, cárcel perpetua o hábitos penitenciales irremisibles. Otras penas menores eran los azotes públicos, la exposición a la vergüenza pública por las calles de la ciudad, confiscación de parte de sus bienes, prisión por dos años y el destierro de los lugares de origen.
Los ingresos del tribunal procedían de las multas, confiscaciones, rentas de los censos, donaciones e ingresos provenientes de la subvención real particularmente para el pago de los funcionarios del tribunal. El 30 de Julio de 1813, el virrey Abascal publicaba el decreto de las Cortes de Cádiz, en el que abolía
a la Inquisición en todos los dominios españoles, aunque en 1814 Fernando VII restableció la institución, seis años las cortes liberales la extinguían definitivamente.
El 15 de mayo de 1861 se crea el Archivo Nacional, hoy llamado Archivo General de la Nación (AGN), durante el segundo gobierno del mariscal Ramón Castilla, con la finalidad de custodiar los documentos históricos pertenecientes a las antiguas instituciones gubernamentales de la época colonial, que se conservaban en el convento de San Agustín. El primer director del Archivo Nacional fue Santiago Távara.
El AGN funcionó en las instalaciones de la antigua Biblioteca Nacional, que después de la Guerra del Pacífico estuvo dirigida por Ricardo Palma, quien consultó sus valiosos manuscritos para su investigación sobre las tradiciones peruanas.
En la década de 1940, el AGN se trasladó al sótano del edificio del Palacio de Justicia, donde se conservaron cerca de 28 mil metros lineales de documentos no sólo de la Colonia sino también de la República. Entre los documentos custodiados resaltan el “Protocolo Ambulante de los Conquistadores”, los expedientes de la Real Audiencia de Lima, los archivos del ex Ministerio de Hacienda y Comercio, las escrituras públicas, partidas de registro de nacimiento, matrimonio y defunción, los registros de inmigrantes, los archivos de las ex haciendas expropiadas por la Reforma Agraria, documentos de la Santa Inquisición, entre otros fondos documentales de las instituciones públicas que son únicos e irremplazables.
Mediante el Decreto Ley N° 19268 del año 1972, el Archivo Nacional cambió de denominación por Archivo General de la Nación.
Guillermo Durand Flórez, reconocido como el “Padre de la archivística peruana”, logró en 1981 que el AGN se convirtiese en Organismo Público Descentralizado, sustentado con el Decreto Legislativo Nº 120: Ley Orgánica del Archivo General de la Nación, conforme al Artículo 188 de la Ley 23230 promulgada el 15 de diciembre de 1980. Además, estableció las bases del Sistema Nacional de Archivos y creó el Centro de Capacitación para archiveros, llamado hoy la Escuela Nacional de Archivística.
El 04 de junio de 1991 mediante Ley N° 25323, el Archivo General de la Nación es instituido como ente rector del Sistema Nacional de Archivos, siendo su reglamentación el 26 de junio 1992.
El Archivo General de la Nación inicia sus competencias relacionadas al sector Cultura a partir del 15 de julio del 2010 a través de la Ley N° 29565, Ley de Creación del Ministerio de Cultura (Según el art. 11°, el AGN se considera como organismo adscrito al Ministerio de Cultura, anteriormente pertenecía al Ministerio de Justicia).