El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de Lima fue creado por el Rey Felipe II en 1569 como una filial provincial del Consejo de la Suprema y General Inquisición Española. Sus miembros lo constituían dos o tres jueces inquisidores, encargados de interrogar y determinar las causas del juzgamiento; el promotor fiscal que indagaba, definía las acusaciones y supervisaba las informaciones sobre limpieza de sangre; el secretario o notario del secreto, encargado de la redacción, tramitación y conservación de los documentos procesales; el notario de secuestros encargado de realizar inventario de los bienes confiscados a los reos; el receptor encargado de la cobranza y administración de los bienes del Tribunal y los funcionarios subalternos como el comisario, contador, alguacil mayor, abogado, alcaide, despensero, nuncio, portero, barbero, médico, boticario y capellán.
Asimismo los familiares se encargaban del seguimiento de la conducta de algún sospechoso y los comisarios se constituyen en voceros oficiales del tribunal en los distritos de Panamá, Santa Marta, Cartagena (hasta la creación de su tribunal), Popayán, Quito, Bogotá, Trujillo, Lima, Cusco, Asunción, La Plata, Santiago de Chile, Concepción y Tucumán. Además se dispuso la presencia de un comisario en cada puerto marítimo para el control de infiltrados extranjeros (judíos, moriscos y protestantes) con ideologías adversas a la propagación y defensa de la fe.
El Tribunal del Santo Oficio era un tribunal especial autónomo que tenía una doble función: judicial y policial. Su misión era la defensa de la fe católica y la persecución de la herejía; juzgaba delitos contra la fe como el alumbradismo (personas que decían sentirse guiados por el espíritu santo), proposiciones (personas que vertían opiniones contrarias al dogma de la iglesia y la moral) y las herejías de los judaizantes, (la mayoría prósperos comerciantes), luteranos y moriscos. Asimismo el tribunal también sentenciaba delitos contra la moral como la blasfemia, adulterio, bigamia, las supersticiones (adivinación, astrología, magia, brujería, idolatría, etc.) y los delitos del clero contrarios al voto de castidad.
Todos estos delitos se entendían en el aspecto contencioso. Las apelaciones solo podían ser giradas al Consejo de la Suprema y General Inquisición con sede en España. Las causas se iniciaban de oficio, a iniciativa del propio inquisidor, o de resultas de una acusación. Las penas más graves a que era condenado un hereje consistían en la confiscación de la totalidad de sus bienes para la Cámara del fisco, cárcel perpetua o hábitos penitenciales irremisibles. Otras penas menores eran los azotes públicos, la exposición a la vergüenza pública por las calles de la ciudad, confiscación de parte de sus bienes, prisión por dos años y el destierro de los lugares de origen.
Los ingresos del tribunal procedían de las multas, confiscaciones, rentas de los censos, donaciones e ingresos provenientes de la subvención real particularmente para el pago de los funcionarios del tribunal. El 30 de Julio de 1813, el virrey Abascal publicaba el decreto de las Cortes de Cádiz, en el que abolía
a la Inquisición en todos los dominios españoles, aunque en 1814 Fernando VII restableció la institución, seis años las cortes liberales la extinguían definitivamente.